後勤科掌理事項如下:
一、關於後勤政策、法規及作業程序之訂修、建議事項。
二、關於後勤施政計畫彙編審查、預算執行管制及後勤資料統計分析事項。
三、關於國有財產產籍管理及運輸(陸運、水運、空運)業務之執行、管制事項。
四、關於醫療保健政策修訂建議及衛生勤務管理事項。
五、關於各項後勤類裝備之規劃、管理、管制及督考事項。
六、關於車輛、武器、彈藥、機械設備、觀測器材、船艇(筏)等裝備保修、證照異動、保險、稅金、規費之作業、執行、管制、督考等事項。
七、關於糧秣、油料、彈藥、械彈管制作業、核生化防護裝備、服裝配賦等之管理、管制及督考等事項。
八、關於服勤犬業務之執行、管理、管制、督考等事項。
九、關於局本部公務車輛分配及調派等管理作業事項。
十、關於本局膳食相關業務,依海岸巡防總局膳食作業手冊規定辦理。
十一、其他有關後勤裝備補給、保修事項。
十二、關於營繕工程整體規劃設計、審查、執行與督考等事項。
十三、關於後勤重要設施投資建案工作計畫編列、執行與督考等事項。
十四、關於年度營繕工程整修(建)及災害復原需求檢討、執行、管制與督考等事項。
十五、關於水電供應等業務執行、管制與督考等事項。
十六、關於不動產管理政策、法規修正建議及不動產獲得、保管、使用維護、處分作業計畫策訂、管制與督考等事項。
十七、關於不動產獲得(購買、撥用、徵收、接收、租賃、借用等)、管理、使用維護、處分執行、管制與督考等事項。
十八、關於不動產陳情案件(糾紛處理)之協調與督考等事項。
十九、關於不適用營地(空置營區)管理、檢討與處理等事項。
二十、關於環保綜合業務及能源管制等事項。
二十一、其他有關土地、房建物及營繕工程管理等事項。