作業漁船之船長及船員應遵行事項如下:
一、船長應參加本會辦理之航前講習。
二、於觀察員登船時,船長應向觀察員說明漁船之作息方式、安全維護及漁船設施,並將觀察員上船執行任務之事實,通報全船人員知悉。
三、每日應提供漁獲報表供觀察員查核並簽署。
四、每週應提供當週魚艙裝載魚貨記錄供觀察員查核。
五、應遵守相關作業規定,並接受觀察員指揮,丟棄及記錄不得捕撈或持有之魚種。
六、提供並協助觀察員獨立使用衛星電話、傳真機、網際網路、單邊帶無線電話(SSB)等通訊設備。
七、不得妨礙觀察員紀錄漁船航行儀器相關資訊。
八、協助蒐集觀察員指定之漁獲物及意外捕獲之生物體。
九、提供觀察員在作業漁船上生活與執行任務所需之空間、設備與資料,並於觀察員執行任務時,為必要及充分之協助。
十、提供適當存放觀察員執行任務所得資料與樣品之處所。
十一、為觀察任務需要,不得拒絕或妨礙觀察員就觀察任務有關事項所為詢問及作成紀錄。
十二、簽署觀察員執行任務所得之資料或所作之紀錄,如對紀錄內容有不同意見時,得附記其意見。
十三、漁船船長應確保觀察員安全,漁船遇有緊急危難時,應予特別照護及給予避難協助。